Мой непосредственный командир хочет отменить, подскажите: в каком в порядке он это сделает, естт ли срок отмены приказа, и как вообще это происходит?

Отмена приказа командира полка о вашем переводе в другое подразделение возможна только в строго установленном порядке. Ваш непосредственный командир не обладает полномочиями отменить этот приказ самостоятельно, так как в соответствии с Уставом внутренней службы ВС РФ, отменить приказ (приказание) имеет право только командир (начальник), его отдавший, либо вышестоящий прямой начальник.

Для решения вашей ситуации рекомендую следующий алгоритм:

Установите законность приказа о переводе. Согласно актуальным нормам, перевод военнослужащего по контракту по служебной необходимости на равную воинскую должность производится без его согласия. Однако закон предусматривает исключения. Перевод без согласия невозможен, если:

Имеется заключение военно-врачебной комиссии о невозможности прохождения службы в новой местности.
Члены семьи военнослужащего не могут проживать в новой местности по заключению ВВК.
Военнослужащему требуется постоянный уход за близкими родственниками.
Если ваша ситуация подпадает под эти исключения, это является ключевым правовым основанием для отмены или пересмотра приказа.
Действия вашего непосредственного командира. Он может инициировать отмену, обратившись с мотивированным рапортом (докладной запиской) к командиру полка, издавшему приказ. В рапорте должны быть изложены веские служебные обоснования, почему перевод нецелесообразен или нарушает интересы службы в вашем текущем подразделении. Решение остается за командиром полка.
Порядок и сроки. Специальных сроков для отмены приказа законодательством не установлено. Если командир полка согласится с доводами, он издаст новый приказ об отмене предыдущего. Если нет — приказ подлежит исполнению. Обсуждение (критика) приказа недопустимо, а его неисполнение является нарушением.
Ваши действия в случае незаконного приказа. Если вы считаете, что приказ издан с нарушением закона (например, не учтены медицинские противопоказания), вы вправе его обжаловать. В первую очередь — вышестоящему командованию, а затем, в установленный трехмесячный срок, — в военный суд. Судебная практика подтверждает возможность отмены незаконных приказов о переводе.
Важно помнить о последствиях. Самостоятельный отказ от исполнения приказа о переводе недопустим и может быть квалифицирован как неисполнение приказа, что влечет дисциплинарную или даже уголовную ответственность по статье 332 УК РФ.
Таким образом, вашему непосредственному командиру необходимо действовать через служебную вертикаль, убедительно обосновав необходимость отмены перевода перед командиром полка. Вам же следует оценить, есть ли в вашей ситуации предусмотренные законом основания для перевода только с вашего согласия.

Если моя консультация оказалась Вам полезной, можете поддержать меня по ссылке: pravoved.ru/lawyer/4310577/
Если остались вопросы или появились новые — пишите в личные сообщения для более развернутой консультации и составления НЕОБХОДИМЫХ ДОКУМЕНТОВ!
С уважением, Дмитрий Филимонов!