Должна ли я платить налог с проданной квартиры?

Здравствуйте, Наталья!

Срок нахождения в собственности считается от даты первой регистрации права, т.е. с 2009 года, независимо от дальнейшего перераспределения долей.

В этом случае налог платить не нужно.

Письмо Минфина России от 05.04.2012 N 03-04-05/7-450
Согласно ст. 235 Гражданского кодекса Российской Федерации изменение состава собственников, в том числе переход имущества к одному из участников общей долевой собственности, не влечет для этого лица прекращения права собственности на указанное имущество. При этом на основании ст. 131 Гражданского кодекса Российской Федерации изменение состава собственников имущества предусматривает государственную регистрацию такого изменения.
В связи с этим моментом возникновения права собственности у участников общей долевой собственности на квартиру является не дата повторного получения свидетельства о праве собственности на имущество в связи с изменением состава собственников квартиры и долей в праве собственности на квартиру, а момент первоначальной государственной регистрации права собственности на данную квартиру.
В соответствии с п. 17.1 ст. 217 Кодекса не подлежат налогообложению налогом на доходы физических лиц доходы, получаемые физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период от продажи, в частности, квартир, комнат и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика три года и более, а также при продаже иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более.

Если вдруг будете потом продавать дом, то сможете учесть только 1 000 000 рублей, а с остальной суммы дохода заплатите 13%. Хоть как-нибудь но фиксируйте передачу денег на полную сумму. Это один из негативных нюансов сделок по заниженной стоимости.