Здравствуйте, Елена Анатольевна!
Отказ из-за отсутствия квартиры в реестре — это техническая проблема, а не окончательный вердикт о ваших правах. Вам нужно пройти путь по официальному установлению и регистрации права муниципальной собственности на эту квартиру.
Договор социального найма — это право пользования, а не право собственности. Собственником является муниципалитет (город, район). Чтобы квартиру можно было переоформить, муниципалитет должен быть зарегистрирован как ее собственник в Едином государственном реестре недвижимости (ЕГРН). Вероятно, этого не было сделано ранее, и сейчас база данных просто «не видит» вашу квартиру как объект права.
Если вы получили ответ на свой вопрос, буду благодарна отзыву. За более подробной консультацией Вы можете обратиться ко мне в чат.