Мы с женой живём раздельно больше пяти лет, дом который она купила за материнский капитал, а прописаны все у меня, что будет штраф или нет?

Здравствуйте, Павел!

будет штраф или нет?

 а за что штраф? Ничего из того, что Вы указали, не является незаконным. 

Мы с женой живём раздельно больше пяти лет

 закон не обязывает супругов жить вместе. Раздельное проживание влечет кое-какие юридические последствия (например, по поводу места жительства детей должно быть достигнуто соглашение между родителями), но не более. 

дом который она купила за материнский капитал, а прописаны все у меня

по Конституции РФ и федеральным законам РФ граждане вправе выбирать место жительства, хотя и обязаны там регистрироваться. Местом жительства детей до 14 лет является место жительства их родителей. И даже в отсутствие регистрации по месту жительства дети вправе пользоваться жилым помещением, где есть право пользования хотя бы одного из их родителей. 

Если вопрос в том, как снять граждан с рег. учета по месту жительства без их согласия, то это делается на основании решения суда о признании этих граждан утратившими право пользования. Дети Ваши таковыми не могут быть признаны пока им не исполнилось 18 лет, а в отношении жены, пока она официально является женой — маловероятно. 

За непроживание по «прописке» административной ответственности нет. А фиктивной регистрацию назвать затруднительно, это же Ваша семья. 

Если Вам помог мой ответ, Вы можете отблагодарить меня небольшой суммой через мой профиль по ссылке.

Дополнительные вопросы Вы можете задать мне в рамках индивидуальной платной консультации в чате (стоимость и время консультации согласовываются там же).