Здравствуйте, Наталья!
Тут надо иметь в виду положения пункта 3 статьи 37 Гражданского кодекса РФ:
3. Опекун, попечитель, их супруги и близкие родственники не вправе совершать сделки с подопечным, за исключением передачи имущества подопечному в качестве дара или в безвозмездное пользование, а также представлять подопечного при заключении сделок или ведении судебных дел между подопечным и супругом опекуна или попечителя и их близкими родственниками.
Из этого пункта следует, что бабушки, дедушки (которые тоже относятся к близким родственникам) не могут совершать с несовершеннолетними детьми сделки по продаже им имущества. Только безвозмездные сделки (фактически — только дарение).
Поэтому если Ваш отец является дедушкой ребенку, то это может послужить основанием для отказа в покупке на маткапитал у него квартиры.
Если только СФР не станет известно, что отец является дедушкой ребенку.
Если Вам требуется подробная консультация или подготовка документов по этому или какому-либо иному Вашему вопросу, рекомендую обратиться ко мне в чат для согласования условий оказания платной услуги. Для входа в чат Вы можете зайти в мой профиль https://pravoved.ru/lawyer/311687/ и кликнуть на кнопку «Обратиться к юристу».