Дмитрий, здравствуйте!
Доля, перешедшая Обществу (9000 р., 90%), в течение 1 года с момента ее перехода Обществу должна быть продана участникам или третьим лицам либо распределена между участниками (ч. 2 ст. 24 ФЗ «Об обществах с ограниченной ответственностью»). Поэтому логичнее в целях создания в ООО равнодолевого участия продать третьему лицу (новому участнику) часть принадлежащей ООО доли (50 %, номин. стоимостью 5000 руб.), а оставшуюся часть (40%, 4000 руб.) — имеющемуся участнику. Т.к. с долей, принадлежащей ООО все равно придется что-то делать.
Если Вам нужно все-таки увеличить уставный капитал в его размере, тогда стоит либо сначала сделать что-то с долей ООО (см. выше), а потом принимать нового участника (ТАК ЛУЧШЕ), либо наоборот: увеличить УК за счет доли нового участника, а потом ООО распределяет свою долю между новым участником и имеющимся. Но доля ООО всегда распределяется (т.е. безвозмездное увеличение номинала доли) между участниками только ПРОПОРЦИОНАЛЬНО их долям, а продать можно в любой пропорции.
Т.е., если Вы выбираете второй вариант с последующим распределением, а не продажей, то нов. участник должен внести вклад в таком размере, чтобы его доля участия была равна доле участия имеющегося участника. Например, 1000 руб., уставный капитал становится 11 тыс. руб., а затем ООО в равных долях распределяет свою долю (81,82%, 9000 руб.) между участниками (у них по 9,09%, по 1000 руб.).