Где территориально лучше заниматься переоформлением, если это вообще имеет значение

Илья, добрый день.

Я так понимаю Ваш вопрос в большей степени связан с возможным налогообложением?

планирую переоформить две квартиры на свою дальнюю родственницу

Вы планируете оформить договор дарения или продажи? 

Если говорить о дарении, то, дарение — безвозмездная передача имущества. В этом случае даритель (Вы) не получает доход, а следовательно и не уплачивает налог. 

Доход в этом случае возникает у Вашей родственницей в связи с тем, что Вы не являетесь близкими  родственниками — ст. 14 СК РФ.

Исхожу из того, что она являетесь налоговым резидентом РФ.

Согласно п. 6 ст. 214.10 НК РФ:

6. Сумма налога по доходам в виде объекта недвижимого имущества, полученного в порядке дарения, исчисляется налоговым органом как соответствующая налоговым ставкам, установленным статьей 224 настоящего Кодекса, процентная доля налоговой базы.

Статьей 224 НК РФ установлена ставка 13% на доходы менее 5 млн. руб. и 650 тыс. + 15% на доходы свыше 5 млн. руб.

Цена определяется исходя из кадастровой стоимости — абз. 2 п. 6 ст. 214.10 НК РФ.

Таким образом в случае дарения у нее в любом случае возникает обязанность уплаты налога.

Далее продолжу.

Здравствуйте.

В законе нет такого понятия как «переоформить» имущество, надо заключить какую-то сделку — дарения, купли-продажи, мены или др. 

Вы не уточнили, как Вы хотите передать собственность на квартиры родственнице — безвозмездно или за плату.

Если Вы будете отчуждать квартиры по возмездным сделкам (купли-проадажи), то налогооблагаемый доход возникнет у вас (собственность менее трех / пяти лет — в зависимости от основания приобретения квартир), а если Вы налоговый нерезидент РФ, соответственно, налоговая ставка по НДФЛ для Вас будет 30% (ст. 224  НК РФ). 

Статус резидент / нерезидент определяется на дату получения дохода и окончательно — по итогам года (Письма Минфина от 27.07.2022 N 03-04-05/72454, от 24.06.2019 N 03-04-05/46120).

Если Вы будете отчуждать квартиры безвозмездно, то поскольку родственница дальняя, нет смысла искать доказательства родственной связи, все равно у нее возникнет налогооблагаемый доход, так как нет близкого родства ( п. 18.1 ст. 217 НК РФ):

Доходы, полученные в порядке дарения, освобождаются от налогообложения в случае, если даритель и одаряемый являются членами семьи и (или) близкими родственниками в соответствии с Семейным кодексом Российской Федерации (супругами, родителями и детьми, в том числе усыновителями и усыновленными, дедушкой, бабушкой и внуками, полнородными и неполнородными (имеющими общих отца или мать) братьями и сестрами);

Где территориально лучше заниматься переоформлением, если это вообще имеет значение.

 Если не планируете удостоверять сделки у нотариуса, то и в Москве, и в СПб есть МФЦ, куда можно подать документы на регистрацию перехода прав на недвижимость по экстерриториальному принципу. Изучите информацию на сайте Росреестра и решите с родственницей, где вам будет удобнее встретиться, с  учетом также вашего миграционного статуса и других обстоятельств.

Если для Вас принципиальна нотариальная форма сделок, то придется обращаться к нотариусу в СПб, таковы правила (ст. 56, «Основы законодательства Российской Федерации о нотариате» (утв. ВС РФ 11.02.1993 N 4462-1).