Добрый день!
Согласно статье 35 Арбитражного процессуального кодекса РФ:
Иск предъявляется в арбитражный суд субъекта Российской Федерации по адресу или месту жительства ответчика.
Соответственно, если вы подаете иск к Обществу по вашему договору, то должны выбирать Арбитражный суд того субъекта РФ, в котором ООО зарегистрировано (по юридическому адресу) даже если фактический адрес иной.
Суд не запрещает указывать в иске 2 адреса (юридический и фактический), но по юридическому корреспонденция должна направляться обязательно. Это касается и претензии. Суд может не признать соблюденным претензионный порядок, если требование об оплате направлено не по юридическому адресу.