Я нахожусь в браке, муж взял меня с моими двумя дочерями, теперь муж хочет девочкам дать свою фамилию и стоять в графе отца

Добрый день, Вита

Если у детей есть отец, записанный в свидетельстве о рождении, то только путем удочерения. Обращайтесь в органы опеки вам там все разъяснят. Также понадобится согласие отца. 

Если в отношении детей отцовство не установлено, то можно просто обратиться в ЗАГС с совместным заявлением об установлении отцовства. Но в этом случае муж потом не сможет оспорить установление отцовства в отношении него (если в ваших отношениях что-то пойдет не так).