Здравствуйте, Елена.
Налоговые органы исходят из того, что индивидуальные предприниматели, применяющие упрощенную систему налогообложения, при совершаемых ими сделках в комплекте документов обязаны представлять копию информационного письма из ФНС о применении ими УСН. Таким образом, Вам как Покупателю товара должно быть известно о применении Вашим контрагентом УСН.
Согласно п. 2, 3 ст. 346.11 НК РФ плательщик УСН не является плательщиком НДС и не вправе выставлять счета-фактуры с НДС.
Организации, применяющие упрощенную систему налогообложения, не признаются налогоплательщиками налога на добавленную стоимость, за исключением налога на добавленную стоимость, подлежащего уплате в соответствии с настоящим Кодексом при ввозе товаров на территорию Российской Федерации и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией, а также налога на добавленную стоимость, уплачиваемого в соответствии со статьей 174.1 настоящего Кодекса.
В соответствии с ч. 3 ст. 169 НК РФ
Налогоплательщик обязан составить счет-фактуру
То есть, если ИП на УСН не является налогоплательщиком НДС, то и обязанность по уплате НДС у него не возникает.
В связи с этим, ввиду отсутствия источника возмещения налога из бюджета, заявлять вычет о возмещении НДС при работе с контрагентом, на УСН у Вас не было оснований. Об этом же свидетельствуют письма Минфина РФ от 29.11.2010 г. № 03-07-11/456, от 16.05.2011 г. № 03-07-11/126, от 28.05.2009 N 03-07-09/26.
Вместе с тем, в соответствии с п. 1 ч. 5 ст. 173 НК РФ
5. Сумма налога, подлежащая уплате в бюджет, исчисляется следующими лицами в случае выставления ими покупателю счета-фактуры с выделением суммы налога:
1)лицами, не являющимися налогоплательщиками, или налогоплательщиками, освобожденными от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой налога;
Поскольку Ваш контрагент выставлял Вам счета-фактуры и у Вас не было информации о том, что НДС им в бюджет не уплачивается, можно говорить о том, что Вы добросовестно заблуждались. Если это так, то возместив в бюджет не уплаченный НДС, затем, Вы можете обратиться в суд о взыскании с Вашего контрагента излишне уплаченной в бюджет суммы НДС и пени по нему, так как выставляя счета-фактуры с НДС, в силу п. 1 ч. 5 ст. 173 НК РФ обязанность по уплате НДС в бюджет должна была быть исполнена Вашим контрагентом.
С Уважением.