Добрый день, налоговый орган по итогам выездной налоговой проверки доначислил обществу налогов в результате

Добрый день! Возврат суммы основного долга по договору займа не образует налоговой базы по ндфл, доход тут возникает только если займ был возмездным и только в размере уплаченных за пользование займом процентов. Такая позиция подтверждается, например, разъяснениями Минфина данными в Письме Минфина России от 11.04.2022 N 03-04-06/30908 

С учетом изложенного полагаем, что при возврате долга по договору беспроцентного займа, а именно при возврате ранее переданного имущества доход как объект налогообложения отсутствует, следовательно, и обязанность по уплате налога на доходы физических лиц не возникает.

другой вопрос как были оформлены отношения, был ли полноценный договор, отражены ли проводки в бухучете и т.д., совпадает ли возврат с условиями договора и т.д.

Здравствуйте.

Собственно проблема не в наличии или отсутствии судебной практики. 

Тот факт, что физлицо, которое предоставило процентный заем организации, является ее учредителем, для целей НДФЛ значения не имеет. Глава 23 НК РФ не предусматривает никаких исключений или специальных правил в отношении учредителей. Соответственно сумма денежных средств, возвращаемая физлицу (заимодавцу) в пределах полученного от него денежного займа, не является его доходом в силу п. 1 ст. 41 НК РФ.

То есть возврат займа не образует дохода, это деньги займодавца, которые ему возвращаются и не являются его доходом. А значит и налогообложения быть быть не может. Но если документы оформлены неверно, заем не проведен соответствующими бухгалтерскими прводками, то у налогового органа может возникнуть обоснованное сомнение в том, что эти средства являются именно возвратом займа.
При этом выплаченные учредителю проценты по займу облагаются НДФЛ. И организация как налоговый агент должна этот налог исчислить, удержать и перечислить в бюджет в том же порядке, что и НДФЛ с процентов по займам, полученным от иных физлиц (пп. 1 п. 1 ст. 208, ст. 209, п. п. 1, 2 ст. 226 НК РФ).