Я подал документы на ВМЖ, при подаче документов выявлено нарушение - 131 день просрочки нахождения в России

Добрый день! Я являюсь гражданином казахстана, в России живем всей семьей, семья получила гражданство. Я подал документы на ВМЖ, при подаче документов выявлено нарушение - 131 день просрочки нахождения в России. Документы не приняли, назначили суд. Присудили штраф в размере 3000 рублей и покинуть Россию на 90 дней. Штраф оплачен. Не происходит ли аннулирование при этом моего нахождения, действительно ли я должен выехать на 90 дней и только после этого подавать опять на ВНЖ?