Подскажите, пожалуйста, возможно ли в данном случае получить с заказчика оплату?

Основания для взыскания с заказчика оплаты за транспортные услуги имеются.

Важно сформировать доказательственную базу, исходя из той информации которую вы предоставили.

Дмитрий, добрый день! 

Заказчик направил по эл почте письмо на бланке организации (но без печати и подписи) о доплате за транспортные услуги, при выполнении графика подачи транспорта за период

Отсутствие подписи не является определяющим фактором. В данном случае, если ранее использовался такой канал связи, то  так можно идентифицировать конкретное лицо, а также определить его волю, т.е. направление оферты (см. ст. 435 ГК РФ)

Вместе с тем, учитывая, что согласование осуществлялось с работником, то нужно доказать, что он являлся надлежащим представителем. Так, в статье 182 ГК РФ предусмотрено, что полномочия могут явствовать из обстановки, в которой действует представитель, т.е. он может не иметь доверенности, однако, из обстановки было понятно, что он представитель и действует в интересах конкретного юридического лица. 

Последующее исполнение договора это и есть акцепт указанных условий ( см. ст. 438 ГК РФ), т.е. согласие в форме согласования, а также исполнения.   

При наличии таких доказательств,  это не освобождает от оплаты оказанных услуг (см. ст. 781 ГК РФ).

 Подскажите, пожалуйста, возможно ли в данном случае получить с заказчика оплату?

Да, возможно, если есть доказательства. Для этого потребуется анализ документов.

С уважением, 

юрист Квон Дмитрий Викторович.