После этого сразу же взяли другой кредит, теперь квартира снова в ипотеке сумма стала больше, а доли мы не выделили, подскажите мы сейчас можем выделить доли через суд, не уведомляя банк?

Добрый день, Иван! Не совсем понятно.

Сейчас у вас в собственности 2 квартиры: одна, купленная за мат капитал с выплаченной ипотекой и вторая, купленная в ипотеку? 
Или вы каким то образом продали первую квартиру, выплатив ипотеку?

Если первая квартира до сих пор в вашей собственности, вам необходимо именно в этой квартире выделить доли детям в любом случае.

В соответствии со статьей 10 Федерального закона от 29.12.2006 N 256-ФЗ «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей»

Лицо, получившее сертификат, его супруг (супруга) обязаны оформить жилое помещение, приобретенное (построенное, реконструированное) с использованием средств (части средств) материнского (семейного) капитала, в общую собственность такого лица, его супруга (супруги), детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по соглашению