Вопрос: не будет ли претензий ВАК, что я написал работу в этой организации (не в основной)

Вячеслав, добрый день!

Ст. 4.1 Федерального закона от 23.08.1996 N 127-ФЗ «О науке и государственной научно-технической политике» не содержит подобных ограничений.

лишь предоставление отпуска для подготовки и защиты диссертации возможно только по основному месту работы

С уважением, адвокат Сарбаев КЭ

Здравствуйте! Прежде всего играет роль научной ценности диссертации и заключение по диссертации от организации где она была выполнена. Если организация даст соответствующее заключение по диссертации, то вопрос будет закрыт. Все зависит от руководства организации — именно она и дает заключение, если его не будет, то вот это проблема. Тогда вопрос нужно решать непосредственно с организацией, в которой выполнена работа. Так что дать однозначно ответ как будут развиваться события в Вашем случае нельзя.

Тут нужно опираться наПостановление Правительства РФ от 24.09.2013 N 842 «О порядке присуждения ученых степеней»

16. Организация, где выполнялась диссертация, дает заключение по диссертации, которое подписывается руководителем или по его поручению заместителем руководителя организации. В заключении отражаются личное участие соискателя 

Соискатель ученой степени имеет право представить диссертацию к защите в любой диссертационный совет. 

Однако, можно сказать однозначно, что Вы имеете полное право защитить диссертацию несмотря на ее фактическое выполнение в другой организации — это прямо указано:

18. Диссертационный совет обязан принять диссертацию к предварительному рассмотрению при наличии положительного заключения организации, где выполнялась диссертация, и документов

Т.е. исходя из представленного постановления в принципе у Вас никакой проблемы нет если основная организация не даст Вам заключения по диссертации, то это должна сделать другая — там где вы собственно и выполнили диссертацию опираясь на материал. И вопрос по сути можно считать будет закрытым.