Доброе утро!
Вероятнее всего Ваши паспорта признали вещественными доказательствами и приобщили к материалам уголовного дела, то есть храниться они будут у следователя, потом в суде до момента рассмотрения уголовного дела судом, но забрать Вы его сможете после вступления приговора в законную силу! Поэтому пока дело находиться в следственном комитете, обратитесь к следователю и напишите заявлении о возвращении Вам паспорта, поскольку это документ, удостоверяющий личность, который необходим в процессе жизнедеятельности, либо можете сказать, что Вы планируете заключить гражданско-провавую сделку, где необходим оригинал паспорта, думаю следователь снимет с него копии и отдаст Вам под расписку, о том что паспорт будет храниться у владельца.