И вообще какой механизм уплаты, перечисления и зачисления налога на прибыль организаций?

Наша организация по итогам года исчислила налог на прибыль организаций в общей сумме 1 млн.р. Указанный налог в полном объеме был перечислен на счет регионального бюджета. Налоговый орган направил организации требование об уточнении реквизитов платежа, указав, что с учетом ст. 284 НК РФ в региональный бюджет надо было перечислить 900 тыс. р., а остальные 100 тыс. следовало перечислить в федеральный бюджетов. Наша организация возражала против указанного требования, сославшись на то, что в соответствии с п. 2 ст. 56 БК РФ налога на прибыль организаций по нормативу 100 процентов зачисляется в бюджеты субъектов Российской Федерации. С точки зрения юриспруденции кто прав? И вообще какой механизм уплаты, перечисления и зачисления налога на прибыль организаций?