Может ли он выделить доли на ипотечное жильё мне и двоим своим детям?

Добрый день!
В таком случае он должен продать Вам и детям доли. На это должен Банк дать согласие.

С юридической точки зрения не рекомендую помогать выплачивать ипотеку, если Вы не в браке. 

Если Вы зарегистрируете брак — есть шанс в случае расторжения брака признать кредит и выплачиваемые проценты по нему — общей совместной собственностью.

В соответствии со ст. 37 СК РФ совместно нажитым имуществом может быть признано и личное имущество каждого из супругов, если его стоимость была увеличена в значительной степени за счет совместно нажитых средств супругов или за счет имущества другого супруга (евроремонт жилого помещения, реконструкция, перепланировка, переоборудование и др.).

Еще один вариант обезопасить себя — деньги, которые вы помогаете ему выплачивать — перечислять на его карту. Потом это можно взыскать как неосновательное обогащение.

Но помните, у нас срок исковой давности — 3 года, а срок ипотеки куда больше.