Здравствуйте, Эмиль!
В соответствии с пп.5.1 п.1 ст.21 Налогового кодекса РФ любой налогоплательщик имеет право на осуществление совместной с налоговыми органами сверки расчетов по налогам, сборам, пеням и штрафам, а также на получение акта совместной сверки расчетов по налогам, сборам, пеням и штрафам. Поэтому бывшему индивидуальному предпринимателю целесообразно обратиться в налоговый орган для проведения сверки по своим налоговым обязательствам.
Соответственно, если у него имеется переплата, он может претендовать на ее зачет в счет недоимки по правилам ст.78 Налогового кодека РФ.