На данный момент есть гражданская ипотека, собственником недвижимости и заемщиком является военнослужащий

Добрый день.

можно ли такую ипотеку погасить накоплениями по программе НИС?

 Да, можно.

В частности, в Постановление Правительства РФ от 15.05.2008 N 370 «О порядке ипотечного кредитования участников накопительно-ипотечной системы жилищного обеспечения военнослужащих»

определено, что 

3. Целевой жилищный заем предоставляется участнику в следующих целях:
б) уплата первоначального взноса при приобретении с использованием ипотечного кредита (займа) (далее — ипотечный кредит) жилого помещения (жилых помещений), приобретение земельного участка, занятого приобретаемыми жилым домом либо частью жилого дома и необходимого для их использования, уплата части цены договора участия в долевом строительстве с использованием ипотечного кредита и (или) погашения обязательств по ипотечному кредиту.

Таким образом, использование средств военной ипотеки вполне возможно для целей погашения обязательств по ранее оформленному ипотечному кредит.

 Для получения целевого жилищного займа в целях погашения обязательств по ипотечному кредиту участник представляет в уполномоченный орган следующие документы:

а) подписанный со стороны участника договор целевого жилищного займа, оформленный в соответствии с типовым договором, утвержденным уполномоченным органом (в 3 экземплярах);

б) заверенная кредитором копия договора ипотечного кредита, оформленного с учетом требований пункта 30 настоящих Правил, с приложением к нему графика погашения ипотечного кредита;

в) заверенная организацией, в которой участником открыт банковский счет, копия договора банковского счета участника, открытого для операций со средствами целевого жилищного займа  и содержащего условия о порядке возврата уполномоченному органу целевого жилищного займа без распоряжения клиента (участника);

г) отчет об оценке рыночной стоимости приобретаемого жилого помещения (жилых помещений), составленный в соответствии с законодательством Российской Федерации об оценочной деятельности;

д) копия паспорта гражданина Российской Федерации, являющегося участником.

В виду того, что частично гражданская ипотека была погашена за счет средств материнского капитала, стоит учитывать и следующее положение

В случае использования участником для приобретения жилого помещения или жилого дома и земельного участка дополнительно к средствам ипотечного кредита и (или) целевого жилищного займа средств (части средств) материнского (семейного) капитала в соответствии с Федеральным законом «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей» участник оформляет жилое помещение или жилой дом и земельный участок в общую собственность лица, получившего государственный сертификат на материнский (семейный) капитал,его супруга (супруги), детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по соглашению в течение 6 месяцев после снятия обременения с жилого помещения или жилого дома и земельного участка, а в случае если жилое помещение приобретено по договору участия в долевом строительстве — в течение 6 месяцев после наступления таких событий в совокупности, как подписание передаточного акта или иного документа о передаче участнику долевого строительства объекта долевого строительства, а также снятие обременения с жилого помещения.

Соответственно жилое помещение должно быть оформлено в общую собственность супругов и их детей, с условием определения долей каждого из них в приобретенном жилье.