А выделить доли в новом доме, который построили пока платим ипотеку за ту квартиру

Согласно п.4 ст.10 Федеральный закон от 29.12.2006 N 256-ФЗ  «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей»

Лицо, получившее сертификат, его супруг (супруга) обязаны оформить жилое помещение, приобретенное (построенное, реконструированное) с использованием средств (части средств) материнского (семейного) капитала, в общую собственность такого лица, его супруга (супруги), детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по соглашению

Как видите, вы должны выделить доли именно в том жилье, на приобретение которого вы использовали средства МСК

Если вы хотите продать в последующем эту квартиру, то вначале выделяете доли детям, а потом получаете разрешение опеки на продажу квартиры. Такое разрешение дается как правило, при условии выдела детям взамен продаваемых доли в другом жилье