Добрый день.
Михайловская академия относится к ведению Министерства обороны РФ, в связи с чем особо интересным видится отказ в приеме данный сотрудником ФСБ.
Более того, исходя из ст 6 ФЗ «О гражданстве РФ», Ваш сын является гражданином РФ, а следовательно нет оснований говорить о том, что он является гражданином Украины.
1. Гражданин Российской Федерации, имеющий также иное гражданство, рассматривается Российской Федерацией только как гражданин Российской Федерации, за исключением случаев, предусмотренных международным договором Российской Федерации или федеральным законом.
Далее, поступление в вузы МО РФ, регламентируется Приказом Министра обороны РФ от 07.04.2015 N 185 «Об утверждении Порядка и условий приема в образовательные организации высшего образования, находящиеся в ведении Министерства обороны Российской Федерации» в силу которого
предполагается отбор на основании гражданства — для его достаточно представить паспорт гражданина РФ.
В силу ст. 35 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе»
1. В военные профессиональные образовательные организации и военные образовательные организации высшего образования имеют право поступать:
граждане, не проходившие военную службу, — в возрасте от 16 до 22 лет;
И еще один момент на который обращу Ваше внимание — отказ от гражданства иного государства для целей получения гражданства РФ в настоящее время не требуется.