После погашения ипотеки с использованием мат капитала, нужно выделить всем членам семьи доли

Согласно ст. 56  Основ  законодательства Российской Федерации о нотариате (утв. ВС РФ 11.02.1993 N 4462-1) удостоверение договоров об отчуждении объектов недвижимого имущества производится нотариусом, осуществляющим свою деятельность в любом из нотариальных округов, расположенных в пределах субъекта РФ, на территории которого находится указанное имущество. По этой причине нотариусы действующие на территории одного субъекта РФ заверить соглашение о выделе долей в недвижимости, находящихся на территории другого субъекта не вправе. Исключение — когда предметом соответствующего договора (соглашения) является отчуждение объектов недвижимого имущества находящихся на территории разных субъектов РФ — в этом случае такой договор (сделку) вправе заверить нотариус, действующий на территории любого из субъектов РФ где находится один из объектов недвижимости отчуждение которых является предметом договора (соглашения). 

Соответственно если не брать в расчет данное основание единственным выходом является оформление долей  там где была куплена недвижимость.