Дополнительным соглашением к спецификации?

Добрый день, Юлия.

К указанной Вами ситуации нет однозначного и бесспорного подхода. На мой взгляд, в Вашей ситуации речь идет о представлении бонуса ( если я правильно поняла, то товар Вы возвращать не планируете). 

Изменение цены после поставки или премирование покупателя возможно в силу гражданского законодательства ( п. 4 ст. 421, п.2 ст. 424 ГК РФ). Однако в этом случае может заинтересоваться налоговая, поэтому нужно не только убрать задолженность, но и не вызвать вопросов у контролирующих органов.

Для получения бонуса нужно выполнить условия договора, предусматривающие возможность его получения. Если изначально таких условий не было, то целесообразнее заключить дополнительное соглашение к договору поставки об условиях, вариантах расчета этой скидки.

Помимо кредит-ноты, документом, подтверждающим право покупателя на получении бонуса является акт, прокол, накладная или иной документ, содержащий все обязательные реквизиты первичного документа, предусмотренные ч. 2 ст. 9 Федерального закона от 06.12.2011 N 402-ФЗ «О бухгалтерском учете».

Также, стоит обратить внимание на следующее:

п. 3 Информационного письма Президиума Высшего Арбитражного Суда РФ от 21 декабря 2005 г. N 104

Отношения кредитора и должника по прощению долга можно квалифицировать как дарение, только если судом будет установлено намерение кредитора освободить должника от обязанности по уплате долга в качестве дара. В таком случае прощение долга должно подчиняться запретам, установленным статьей 575 ГК РФ, пунктом 4 которой не допускается дарение в отношениях между коммерческими организациями

Предоставление бонуса не является безвозмездной реализацией товара, что подтверждается арбитражной практикой ( например, применяется позиция

постановлении Президиума ВАС РФ от 07.02.2012 N 11637/11).

Следовательно, в Вашем случае, на мой взгляд, целесообразнее оформить указанную партию как бонус (премию, скидку), оформив дополнительное соглашения об условиях получения этой скидки (если условий нет в основном договоре), а право на бонус подтвердить любым первичным документом. 

Каких-либо еще вариантов, к сожалению, я не вижу. Надеюсь, предложенная информация будет Вам полезна.