Добрый день!
Для смены фамилии необходимо взаимодействие с органами опеки и попечительства. Основным принципом, в соответствии с которым орган опеки и попечительства принимает решение об удовлетворении просьбы или об отказе в ее удовлетворении, является защита интересов ребенка. Если родители проживают раздельно и родитель, с которым проживает ребенок, желает присвоить ему свою фамилию, орган опеки и попечительства разрешает этот вопрос в зависимости от интересов ребенка и с учетом мнения другого родителя. Т.е., согласия другого родителя НЕ требуется. Формулировка «учет мнения родителя не обязателен» дает возможность органу опеки и попечительства проявить определенную гибкость и в зависимости от конкретной ситуации все же учитывать мнение другого родителя.
Учет мнения родителя не обязателен при невозможности установления его места нахождения, лишении его родительских прав, признании недееспособным, а также в случаях уклонения родителя без уважительных причин от воспитания и содержания ребенка (статья 59 Семейного кодекса Российской Федерации). В данном случае можно будет изменить только фамилию, но не отчество.
Возможно для вас будет удобен иной вариант действий. Согласно пункта 1 статьи 58 ФЗ «Об актах гражданского состояния», лицо, достигшее возраста четырнадцати лет, вправе переменить свое имя, включающее в себя фамилию, собственно имя и (или) отчество. Вашему ребенку уже 16 лет, и он самостоятельно сможет изменить свою фамилию, путем подачи соответствующего письменного заявления в ЗАГС.
Что касается лишение отцовских прав, необходимо подать в суд исковое заявление.