Здравствуйте, Вера.
Если у нотариуса имеются бесспорные доказательства того, что наследники по закону фактически приняли наследство, например сведения об их регистрационном учете в доме (справка в наследственном доме), то нотариус не вправе не оформить всем наследство, поскольку отказ от наследства на основании заявления такого наследника возможен только в течение 6 месяцев со дня открытия наследства -см.п.2 ст.1157 ГК РФ.
Вместе с етм, если такие действия совершены не для целей принятия наследства, такие наследники вправе обратиться в суд с заявлением об установлении факта непринятия наследства — см. по данному вопросу п.37 Постановления Пленума Верховного суда РФ от 29.05.2012 №9 «О судебной практике по делам о наследовании».
Что касается размера пошлин, взимаемых нотариусом, следует разбирать отдельно. Наследники могут попросить и одно свидетельство на всех.