Можно ли запретить пользоваться понтоном на берегу реки?

Добрый день, а у вас есть договор водопользования?

Согласно ст. 11 Водного кодекса РФ

Статья 11. Предоставление водных объектов в пользование на основании договора водопользования или решения о предоставлении водного объекта в пользование

Наталия, здравствуйте! Договор водопользования нужен далеко не всегда. Смотря что за лодка и что за причал. Если лодка у Вас там у причала и располагается, тогда да, нужен договор водопользования, так как Вы занимаете часть водного объекта. Если речь про небольшую лодку и причал Вам нужен просто для того, чтобы поднять ее на поверхность земли и далее переместить на свой участок, тогда договор водопользования не потребуется. В статье 6 Водного кодекса РФ закреплено общее правило, согласно которому:

2. Каждый гражданин вправе иметь доступ к водным объектам общего пользования и бесплатно использовать их для личных и бытовых нужд, если иное не предусмотрено настоящим Кодексом, другими федеральными законами.

Обратите внимание на формулировку «бесплатно использовать… если иное не предусмотрено настоящим кодексом». Договор водопользования предполагает внесение платы с Вашей стороны и заключается он, если Вы занимаете акваторию водного объекта. 

Насчет документов на сам причал тоже большой вопрос. Если там нет капитальных конструкций, то вряд ли Вы оформите правоустанавливающие документы на него. Я Вам советую обратиться в местную администрацию и переговорить с ними насчет оформления документов на причал. Я не уверен, что Вы сумеете оформить документы, но попробовать можно. Проблема в том, что береговая полоса тоже предназначается для общего пользования. В той же статье 6 Водного кодекса РФ указано:

Полоса земли вдоль береговой линии (границы водного объекта) водного объекта общего пользования (береговая полоса) предназначается для общего пользования. 

Но посмотрите, что Вам скажут в администрации.

С уважением!