Уставной капитал перешел обществу как распоредиться долей общества чтобы учредитель остался в одном лице?
Зарегистрировали переход неоплаченной доли 50% обществу, сейчас хотим, чтобы доля от обществу перешла оставшемуся учредителю, посоветуйте как лучше и правильнее поступить

Да, все верно! Только к Договору я бы добавила документ подтверждающий оплату доли.