Здравствуйте!
Налоговики вам предъявляют требование по уплате НДФЛ абсолютно законно, т.к. произошло образование новых объектов недвижимости.
Почитайте письмо Письмо Федеральной службы государственной регистрации, кадастра и картографии от 23 июня 2014 г. № 14-исх/07086-ГЕ/14 “О реконструкции объектов недвижимости”:
…
Учитывая изложенную в письме Минэкономразвития России позицию о возможности осуществления в отношении реконструированного объекта недвижимости как постановки на государственный кадастровый учет, так и учета изменений, можно сделать следующие выводы:
в случае изменения количества этажей, высоты, объема, площади объекта недвижимости, замены и (или) восстановления несущих строительных конструкций объекта недвижимости в орган кадастрового учета должны быть представлены документы, необходимые для осуществления государственного кадастрового учета изменений такого объекта;
в случае если в реконструкции было задействовано несколько объектов недвижимости и по ее результатам образован новый объект недвижимости (новые объекты недвижимости) либо в результате реконструкции одного объекта недвижимости образовано несколько новых объектов недвижимости, в орган кадастрового учета должны быть представлены документы, необходимые для постановки на государственный кадастровый учет объекта недвижимости (объектов недвижимости).
…
Полный текст: https://www.garant.ru/products/ipo/prime/doc/70593796/
С Уважением!