Замена паспорта после недавней перерегистрации по месту жительства

При замене паспорта проблем не должно возникнуть, если Вы зарегистрировались по новому месту жительства, то эти данные будут в учетах МВД, соответственно, штамп Вам проставят правильный. Но я не понимаю, Вы указываете, что заявление ушло в предыдущий субъект проживания. Вас должны были снять с предыдущей регистрации автоматически при оформлении новой.

Постановление Правительства РФ от 17.07.1995 N 713 «Об утверждении Правил регистрации и снятия граждан Российской Федерации с регистрационного учета по месту пребывания и по месту жительства в пределах Российской Федерации......»

31. Снятие гражданина с регистрационного учета по месту жительства производится органами регистрационного учета в случае:а) изменения места жительства — на основании заявления гражданина о регистрации по новому месту жительства или заявления о снятии его с регистрационного учета по месту жительства (в письменной форме или в форме электронного документа). При регистрации по новому месту жительства, если гражданин не снялся с регистрационного учета по прежнему месту жительства, орган регистрационного учета в 3-дневный срок обязан направить соответствующее уведомление в орган регистрационного учета по прежнему месту жительства гражданина для снятия его с регистрационного учета;

Так же, отмечу, что при оформлении нового паспорта будут осуществляться проверки о действительности регистрации по месту жительства.

130. Проверке подлежат следующие сведения, представленные гражданином, обратившимся за выдачей или заменой паспорта:130.1. По базе данных ведомственного сегмента МВД России системы «Мир»:
130.1.2. О действительности регистрации по месту жительства (по месту пребывания).

Таким образом, если Вы были зарегистрированы по месту жительства, то и проблем не возникнет, штамп поставят верный.