Правомерно ли новая компания предъявляет нам счет за тот период, с которого они сменили владельца?

 В первую очередь,  нужно выяснить каким образом произошла смена собственника и названия.
 Сведения о правопреемстве  можно увидеть в учредительных документах и в  выписке из ЕГРЮЛ  (подп.«ж» пункта 1 статьи 5 Федерального закона от 08.08.2001 № 129-ФЗ). Обязанности, которые переходят от реорганизуемого общества к правопреемнику при реорганизации в форме выделения, должны быть перечислены в передаточном акте (пункт 4 статьи 58 ГК РФ).
 Если имеет место правопреемство, то согласно ст. 58 ГК РФ, то:
 1. При слиянии юридических лиц права и обязанности каждого из них переходят к вновь возникшему юридическому лицу в соответствии с передаточным актом.
2. При присоединении юридического лица к другому юридическому лицу к последнему переходят права и обязанности присоединенного юридического лица в соответствии с передаточным актом.
3. При разделении юридического лица его права и обязанности переходят к вновь возникшим юридическим лицам в соответствии с разделительным балансом.
4. При выделении из состава юридического лица одного или нескольких юридических лиц к каждому из них переходят права и обязанности реорганизованного юридического лица в соответствии с разделительным балансом.
5. При преобразовании юридического лица одного вида в юридическое лицо другого вида (изменении организационно-правовой формы) к вновь возникшему юридическому лицу переходят права и обязанности реорганизованного юридического лица в соответствии с передаточным актом. 

В Вашем случае, если  имело место правопреемство,  и срок договоров не истек, то компания предъявляет вам счет правомерно. Если создано другое предприятие, то для предъявления  вам  требования об оплате, необходимо заключение новых  договоров.