Максим, добрый вечер!
На основании п.2 ч.2 ст.220
2. Имущественный налоговый вычет, предусмотренный подпунктом 1 пункта 1 настоящей статьи, предоставляется с учетом следующих особенностей:
2) вместо получения имущественного налогового вычета в соответствии с подпунктом 1 настоящего пункта (1 000 000 рублей, то есть, с этой суммы Вы не платите налог); налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением этого имущества.
То есть, за продажу доли в праве на квартиру, стоимостью в 2 млн руб Вам был положен налоговый вычет 1000 000 р. — сумма, с которого Вы не должны платить налог, а налог 13 % Вы должны были заплатить с 1000 000 р., то есть 130 000 р.
Но Вы в этом же налоговом периоде (через месяц — май-июнь) купили квартиру за 2,1 млн руб.
То есть, Вы имеете право уменьшить облагаемую налогом сумму 1000 000 р. (от продажи доли без налогового вычета в 1 млн. руб) на фактические расходы на покупку квартиры 2,1 млн (причем, расходы надо документально подтвердить), получается, что затратили Вы больше на покупку, чем получили от продажи (то, с чего нужно было оплатить налог 1 млн руб), следовательно, налога Вы не должны платить.