Добрый день, Дмитрий!
Согласно положений части 2 статьи 21 Арбитражного процессуального кодекса РФ
Арбитражные суды разрешают экономические споры и рассматривают иные дела с участием организаций, являющихся юридическими лицами, граждан, осуществляющих предпринимательскую деятельность без образования юридического лица и имеющих статус индивидуального предпринимателя, приобретенный в установленном законом порядке.
Т.е. если сторон — две организации — Вам а арбитражный суд.
Также положениями статьи 229.2 АПК РФ установлено, что судебный приказ выдается если
требования вытекают из неисполнения или ненадлежащего исполнения договора и основаны на представленных взыскателем документах, устанавливающих денежные обязательства, которые должником признаются, но не исполняются, если цена заявленных требований не превышает четыреста тысяч рублей.
То есть и здесь Вы нормы стоимостную не превысили. Так что приказ у Вас будет.
Удачи!