Как правильно поступить в этой ситуации

Здравствуйте, Наталья.

в связи с чем обучение в Праге прекратила, но официально ВШЭ не уведомляло.

почему? с целью сохранения визы вероятно… если так, то вы указали далее

ВШЭ списали ей кредиты, далее, соответственно последует уведомление об отчислении

списывая кредиты, ВШЭ чем руководствовалась? Возможно тем, что кредиты резервные исчерпаны, а предметы не сданы? Или иначе? У вас есть договор с ВШЭ Праги?

Есть ли риск депортации до получения немецкой визы? Как правильно поступить в этой ситуации

в связи с тем, что 

после чего ей продлили учебную визу до 2020 года.

и вы до сих пор не отчислены, и сведения по этому основанию не переданы магистратурой, возможно, что риска на данном этапе нет. ОДнако, вам нужно знать, что вузы Чехии на основании § 107 Закона о пребывании иностранных граждан обязаны незамедлительно сообщить Министерству внутренних дел о том, что держатель визы с целью обучения не приступил к учебе или был отчислен. Вариант поступить и не учиться очень рискованный.          Министерство регулярно проводит проверки учебных заведений – требует предоставить списки студентов и посещает занятия.

К примеру, в РФ иностранные граждане, отчисленные из числа обучающихся образовательных учреждений РФ либо успешно завершившие обучение, обязаны выехать из РФ в течение 15 дней с даты отчисления (ст.31 ФЗ «О правовом положении иностранных граждан в РФ» от 25.07.2002 г. №115-ФЗ). В случае неисполнения этой обязанности иностранный гражданин подлежит депортации.