Как нам грамотно все сделать, чтоб каждый остался при своём

Если дом отца не в собственности, то для начала необходимо оформить дом отца в собственность.

Так как только собственник вправе распоряжаться имуществом по своему усмотрению.

ГК РФ Статья 209. Содержание права собственности.

http://www.consultant.ru/docum...

Здравствуйте Яна.

 я отказываюсь от дальнейшего наследства, от дома отца

Вы указываете на дом отца, но между тем из вопроса понятно что

У моего отца есть дом, он не в собственности.

а значит этот дом в рамках законодательства домом отца не является, так как не находится в его собственности и значит ему не принадлежит, а наследуется именно собственность наследодателя (умершего).

ГК РФ Статья 1112. Наследство
 

В состав наследства входят принадлежавшие наследодателю на день открытия наследства вещи, иное имущество, в том числе имущественные права и обязанности.

У моего отца есть дом, он не в собственности. Там прописана я, моя дочь и отец.

Яна

Как я понимаю, данный дом находится в собственности у муниципалитета?

Если так, то нужно сначала его приватизировать. Приватизация будет на троих. Так как ребенок несовершеннолетний, то при продаже дома нужно будет получать согласие органа опеки и попечительства (ст. 37 ГК РФ).

мы хотим купить эту варьируя за символическую плату,

Яна

Не получится купить за символическую плату, т.к. оплата должна быть не меньше кадастровой стоимости, в противном случае сожительница попадает на серьезные налоги, да и в налоговую могут и вас вызывать и ее, как Продавца. 

в замен на квартиру я отказываюсь от дальнейшего наследства, от дома отца.

Яна

Либо отец составляет завещание на сожительницу, хотя если вы будете нетрудоспособной на день его смерти, то вам полагается обязательная доля. При этом у вас есть право не принять данную долю.

Либо отец дарит сожительнице дом по договору дарения с условием своего проживания пожизненно,  чтобы она после дарения его вдруг не выгнала.