Здравствуйте.
Если задолженность была признана безнадежной к взысканию в связи с наличием признаков недействующего юридического лица, то ограничения тоже накладываются (п.п. ф п. 1 ст. 23 Федерального закона от 08.08.2001 N 129-ФЗ).
Таким образом ограничения могли наложить уже в момент установления признаков недействующего юридического лица.
Также я нашел разъяснения Министерства финансов по этому поводу.
ПИСЬМО от 19 октября 2018 г. N 03-12-13/75297.
Цитирую:
«Федеральный закон N 129-ФЗ не содержит положений (исключений), предусматривающих возможность снятия ограничения, установленного абзацем вторым подпункта „ф“ пункта 1 статьи 23 указанного Федерального закона, с указанных выше граждан при оплате ими задолженности юридического лица перед бюджетом или бюджетами бюджетной системы Российской Федерации, исключенного из ЕГРЮЛ.
Одновременно обращаем внимание, что целью оплаты лицом имеющейся у него задолженности перед бюджетом или бюджетами бюджетной системы Российской Федерации является исполнение его обязанности. При этом такая оплата не связана с возмещением причиненного лицом вреда отношениям, регулируемым Федеральным законом N 129-ФЗ».
То есть Министерство финансов считает, что если ограничения наложили снять их нельзя.
Для понимания всей ситуации обратитесь в ИФНС с письменным требованием объяснить на каком основании были наложены ограничения и в какой момент.
Также в письме изложите свою позицию и пусть они сами объясняют почему они на вас наложили ограничения. Они обязаны вам ответить.