Может ли единственный учредитель при регистрации ООО назначить ген директором иное физическое лицо?

Да конечно он может это сделать. Законодательство не содержит обязательных требований того, чтобы именно учредитель общества с ограниченной ответственностью выступал также и директором общества.

даже в документах общества отдельно указываются сведения об учредителях и о лице имеющим право о без доверенности действовать от имени юридического лица ( директора)

Кроме того Учредитель общества -получает прибыль от хозяйственной деятельности общества, а директор является наёмным работником и на него распространяются требования Трудового Кодекса