Здравствуйте, Иван.
По общему правилу. алименты взыскиваются с дохода, получаемого отцом ребенка в виде заработка только за те месяцы, когда был фактически получен этот заработок. Работник, после отработки вахты, получает заработную плату исходя из суммы отработанных часов, с которой организации и необходимо удерживать алименты. Во избежание в последующим недоразумений, следует предупредить об этом судебных приставов-исполнителей.
Вместе с этим, в Вашей ситуации целесообразно изменить порядок выплаты алиментов. в соотв. со ст.83 Семейного кодекса РФ (взыскание ежемесячных алиментов в судебном порядке в твердой денежной сумме с учетом вахтового метода работы). При установлении такого порядка выплат, Вы будете ежемесячно на счет бывшей супруги переводить установленную денежную сумму, которая никак не будет «привязана» к графику получения непосредственно Вами заработной платы, ни к отпуску.