В силу ст. 971, 996 ГК РФ права и обязанности по сделкам, заключенным агентом, возникают непосредственно у принципала. Поэтому при поручении агенту реализации товаров, работ, услуг, НДС должен уплачивать принципал (пп.1 п. 1 ст. 146 НК)
Для выставления счетов-фактур важно, как агент действует по агентскому договору: от своего имени или от имени принципала.
Если агент действует от имени принципала, то ему не нужно оформлять и получать счета-фактуры по товарам (работам, услугам), которые агент покупает или продает от его имени. Принципал делает это сам.
Если агент действует от своего имени, то при продаже товаров (работ, услуг) принципала агент сам выставляет покупателям счета-фактуры. При покупке для принципала продавцы выставляют счета-фактуры агенту, а агент перевыставляет их принципалу.
Все эти счета-фактуры нужно регистрировать в журнале учета счетов-фактур.
Применение агентом УСН не освобождает агента от обязанностей по оформлению счетов-фактур