Что делать, если судимость снята, а в справке из МФЦ это не указано?

В таком случае стоит обратиться в суд, вынесший постановление о снятие судимости. Но если  речь идет о погашении судимости, никуда обращаться не нужно, поскольку сведения о погашении судимости в справках не отражаются, а вывод об этом производится на основании ст.86 УК РФ:

«Уголовный кодекс Российской Федерации» от 13.06.1996 N 63-ФЗ (ред. от 29.07.2018)УК РФ Статья 86. Судимость
 

1. Лицо, осужденное за совершение преступления, считается судимым со дня вступления обвинительного приговора суда в законную силу до момента погашения или снятия судимости. Судимость в соответствии с настоящим Кодексом учитывается при рецидиве преступлений, назначении наказания и влечет за собой иные правовые последствия в случаях и в порядке, которые установлены федеральными законами.
(в ред. Федерального закона от 06.04.2011 N 66-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

2. Лицо, освобожденное от наказания, считается несудимым.
3. Судимость погашается:
а) в отношении лиц, условно осужденных, — по истечении испытательного срока;
б) в отношении лиц, осужденных к более мягким видам наказаний, чем лишение свободы, — по истечении одного года после отбытия или исполнения наказания;
(в ред. Федерального закона от 08.12.2003 N 162-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

в) в отношении лиц, осужденных к лишению свободы за преступления небольшой или средней тяжести, — по истечении трех лет после отбытия наказания;
г) в отношении лиц, осужденных к лишению свободы за тяжкие преступления, — по истечении восьми лет после отбытия наказания;
(в ред. Федерального закона от 23.07.2013 N 218-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

д) в отношении лиц, осужденных за особо тяжкие преступления, — по истечении десяти лет после отбытия наказания.
(в ред. Федерального закона от 23.07.2013 N 218-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

4. Если осужденный в установленном законом порядке был досрочно освобожден от отбывания наказания или неотбытая часть наказания была заменена более мягким видом наказания, то срок погашения судимости исчисляется исходя из фактически отбытого срока наказания с момента освобождения от отбывания основного и дополнительного видов наказаний.
5. Если осужденный после отбытия наказания вел себя безупречно, а также возместил вред, причиненный преступлением, то по его ходатайству суд может снять с него судимость до истечения срока погашения судимости.
(в ред. Федерального закона от 28.12.2013 N 432-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

6. Погашение или снятие судимости аннулирует все правовые последствия, предусмотренные настоящим Кодексом, связанные с судимостью.