Добрый день.
Если он фактически пользуется всей квартирой, то в судебном порядке определить порядок пользования квартирой и т.к. у Вас доля больше, то ему оставить 1 комнату, а Вам две и две закрыть и он в таком случае сможет пользоваться только одной комнатой (возможно не очень будет этому рад).
Статья 247 ГК РФ Владение и пользование имуществом, находящимся в долевой собственности
1. Владение и пользование имуществом, находящимся в долевой собственности, осуществляются по соглашению всех ее участников, а при недостижении согласия — в порядке, устанавливаемом судом.
Также есть вариант продажи Вашей доли, а не квартиры полностью. Это будет немного дешевле, но объект будет продан.
Но! согласно ст. 250 ГК РФ вам необходимо для начала предложить выкупить свою долю отцу
Статья 250 ГК РФПреимущественное право покупки
1. При продаже доли в праве общей собственности постороннему лицу остальные участники долевой собственности имеют преимущественное право покупки продаваемой доли по цене, за которую она продается, и на прочих равных условиях, кроме случая продажи с публичных торгов, а также случаев продажи доли в праве общей собственности на земельный участок собственником части расположенного на таком земельном участке здания или сооружения либо собственником помещения в указанных здании или сооружении.
Уведомить о продаже необходимо письменно, заказным письмом с описью
2. Продавец доли обязан известить в письменной форме остальных участников долевой собственности о намерении продать свою долю постороннему лицу с указанием цены и других условий, на которых продает ее.
если в течение месяца не будет ответа о покупке, то далее вправе продать третьим лицам по цене, указанной в уведомлении.
Если остальные участники долевой собственности не приобретут продаваемую долю в праве собственности на недвижимое имущество в течение месяца, а в праве собственности на движимое имущество в течение десяти дней со дня извещения, продавец вправе продать свою долю любому лицу. В случае, если все остальные участники долевой собственности в письменной форме откажутся от реализации преимущественного права покупки продаваемой доли, такая доля может быть продана постороннему лицу ранее указанных сроков.