Как списать дизельное топливо с НДС с ИП на ЕНВД?

у нас вид деятельности автотранспортные услуги

Продажа топлива не относится к услугам и не может облагаться ЕНВД в принципе.

Ст. 346.27 НК РФ

розничная торговля — предпринимательская деятельность, связанная с торговлей товарами (в том числе за наличный расчет, а также с использованием платежных карт) на основе договоров розничной купли-продажи. К данному виду предпринимательской деятельности не относится реализация подакцизных товаров, указанных в подпунктах 6 — 10 пункта 1 статьи 181настоящего Кодекса, продуктов питания и напитков, в том числе алкогольных, как в упаковке и расфасовке изготовителя, так и без такой упаковки и расфасовки, в барах, ресторанах, кафе и других объектах организации общественного питания, невостребованных вещей в ломбардах, газа, грузовых и специальных автомобилей, прицепов, полуприцепов, прицепов-роспусков, автобусов любых типов, товаров по образцам и каталогам вне стационарной торговой сети (в том числе в виде почтовых отправлений (посылочная торговля), а также через телемагазины, телефонную связь и компьютерные сети), передача лекарственных препаратов по льготным (бесплатным) рецептам, а также продукции собственного производства (изготовления). 

Поэтому продажа попадает под ОСНО или УСН. При ОСНО вы должны выписать счет-фактуру и передать покупателю. На основании ваших документов покупатель принимает к расходам топливо.