Добрый вечер. Отказ в возбуждении уголовного дела в отношении организации был абсолютно правомерен, согласно ст. 19 ГК РФ - Уголовной ответственности подлежит только вменяемое физическое лицо, достигшее возраста, установленного настоящим Кодексом.
Таким образом юридические лица не могут являться субъектом уголовного преступления.
В вашем случае, возможно обжалование решение о ликвидации в соответствии со ст. 22 п. 8 ФЗ "О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей" - Исключение недействующего юридического лица из единого государственного реестра юридических лиц может быть обжаловано кредиторами или иными лицами, чьи права и законные интересы затрагиваются в связи с исключением недействующего юридического лица из единого государственного реестра юридических лиц, в течение года со дня, когда они узнали или должны были узнать о нарушении своих прав.
По итогу обжалования, пробовать выводить на процедуру банкротства, в банкротстве пробовать привлечь директора к субсидиарной ответственности.