Здравствуйте, Дарья!
На мой взгляд, у вас есть все основания получить льготу по налогу, так как с момента государственной регистрации права собственности (с 2005 года) прошло более 3 лет. При этом указанное обременение никак не влияет на ваше право. И в вашем случае речь должна вестись о сроке 3 года, а не о сроке в 5 лет, так как имущество приобретено до 1.01.2016.
Статья 217. Доходы, не подлежащие налогообложению (освобождаемые от налогообложения)
Не подлежат налогообложению (освобождаются от налогообложения) следующие виды доходов физических лиц:
17.1) доходы, получаемые физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика три года и более, а также при продаже иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более.