Должен ли я платить налог с дохода от продажи имущества?

День добрый. Никакой налог  Вам начислен не будет.

Права на объекты недвижимости, возникшие до дня вступления в силу Федерального закона от 21 июля 1997 года N 122-ФЗ «О государственной регистрации прав на недвижимое имущество и сделок с ним», признаются юридически действительными при отсутствии их государственной регистрации в Едином государственном реестре недвижимости. Государственная регистрация таких прав в Едином государственном реестре недвижимости проводится по желанию их обладателей (ст.69 Федерального закона от 13.07.2015 N 218-ФЗ (ред. от 31.12.2017) «О государственной регистрации недвижимости»)

Получение в 2016 году Свидетельства о государственной регистрации  является документом, констатирующим факт получения Вами права собственности на квартиру в 1993 году, в самом свидетельстве это видно из перечня документов-оснований для возникновения права собственности.

В данном случае — ранее возникшее право. Регистрация ранее возникшего права в органах росреестра не является обязанностью собственника. Таким образом, начисление налога будет неправомерным. Не исключено, что налоговая будет рассчитывать по-другому. В таких случаях, рекомендую предварительно обратиться в минфин с разъяснением, его же впоследствии и предоставить налоговикам в случае неадекватной реакции.