Здравствуйте Виталий.
Если Ваше судно не снято с регистрационного учета, то Вы обязаны платить транспортный налог, независимо от того, в каком состоянии катер.
Согласно ст. 357 Налогового кодекса РФ налогоплательщиками налога транспортного признаются лица, на которых в соответствии с законодательством Российской Федерации зарегистрированы транспортные средства, признаваемые объектом налогообложения. А объектами налогообложения являются, среди прочих, теплоходы, яхты, парусные суда, катера, моторные лодки, гидроциклы, несамоходные (буксируемые суда) и другие водные транспортные средства зарегистрированные в установленном порядке в соответствии с законодательством Российской Федерации (ст. 358 НК РФ).
Вам стоит обратиться в ГИМС для снятия с учета судна.