Придется ли платить налог при продаже доли квартиры сестре?

Нет, не придется. В данном случае вы имеете право воспользоваться имущественным налоговым вычетом, предусмотренным ст. 220 НК РФ:

2. Имущественный налоговый вычет, предусмотренный подпунктом 1 пункта 1 настоящей статьи, предоставляется с учетом следующих особенностей:
1) имущественный налоговый вычет предоставляется:
в размере доходов, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков или доли (долей) в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее минимального предельного срока владения объектом недвижимого имущества, установленного в соответствии со статьей 217.1 настоящего Кодекса, не превышающем в целом 1 000 000 рублей;

Только необходимо будет подать декларацию и заявление на предоставление вычета. Если с даты открытия наследства прошло более трех лет, то подавать декларацию не надо.