От какой суммы физ лицо должно уплатить 13% НДФЛ, согласно НК РФ?

Здравствуйте, не раскрыт вопрос налогообложения физлиц. Ясно положение НКРФ про 13%, но вот в чем вопрос: Если речь идет про НДФЛ и налоговом агенте Заказчике, который удерживает 13% с физика со всего аукциона,а не с маржинальной прибыли, то это противоречит здравому смыслу, который используется как основа всего законотворчества, пожалуйста, поясните.

Приведу пример:

Госзаказ (начальная цена аукциона 100.000р.) выигрывает его физик за 94.500р. (Экономика физлица: 90.000р. фактическая цена товара+его 5%-я наценка итого 94.500р. - цена по которой он выигрывает аукцион, т. е. он предложил цену на 5500р. нижне заявленной.Плюс физик уплатил 500р. за доставку, т. е. чистая прибыль 5000р. не считая работы!)

Теперь вопрос: согласно НК он должен уплатить 13% НДФЛ С КАКОЙ СУММЫ? Т. к. налоговым агентом является заказчик, то он удержит 13% с суммы аукциона, т. к. не располагает иными сведениями т. е 94.500р.-13%=12285р.!!!Хотя ВСЯ прибыль это 5000р. Получается Физик еще из своего кармана 7285р ещё выложить должен? Схема противоречащая здравому смыслу...

Или 2й вариант налог удерживается с 5000р. т.е. с "чистой" прибыли, которая даже не учитывает его работу?

Пожалуйста, проясните.