Здравствуйте, Анна.
Из описанной Вами ситуации не понятно положена ли Вашему сыну отсрочка, поскольку отсрочка от армии при поступлении в магистратуру предусмотрена только в том случае, если гражданин окончил школу до достижения 18-летнего возраста. Молодым людям, достигшим совершеннолетнего возраста во время обучения в 11 классе, предоставляется отсрочка от призыва на военную службу только для поступления на бакалавриат, но не магистратуру.
Кроме того, согласно Федеральному закону «О воинской обязанности и военной службе" отсрочка предоставляется на время обучения, но не свыше нормативных сроков освоения основных образовательных программ.
Время обучения начинается с момента зачисления в учебное заведение и заканчивается в момент отчисления из него, а эти моменты определяются приказами по учебному заведению (выпускник учебного заведения считается завершившим обучение на основании приказа руководителя данного учреждения о его отчислении).
После указанного срока призывник должен пройти медицинскую комиссию в районном Военном комиссариате, по результатам которой принимается решение о его годности (негодности) к прохождению военной службы (некоторые военкоматы имеют практику проводить медкомиссию призывников в период обучения, хотя это и не правильно). Только после этого призывник может быть призван на военную службу (весенний призыв в армию 2017 года стартует 1 апреля и закончится 15 июля).
При этом Вы вправе обжаловать решение районного Военного комиссариата в вышестоящую инстанцию, а именно ВК субъекта РФ. При этом вы также можете обжаловать принятое решение в судебном порядке.
При подаче жалобы в призывную комиссию субъекта РФ (областной военкомат) или заявления об оспаривании решения местной призывной комиссии в суд выполнение решения местной призывной комиссии приостанавливается до вынесения решения по жалобе или до вступления в законную силу решения суда (за это время может истечь срок призыва).