Как отчитаться 3-НДФЛ за продажу комм. Недвижимости стоимостью 100000руб. (менее 1 млн.)?

Вы ошибаетесь.

Налог возникает в любом случае при наличии продажи имущества.

При
определении налоговой базы учитываются все доходы налогоплательщика, полученные
им как в денежной, так и в натуральной формах, или право на распоряжение
которыми у него возникло.

Про миллион рублей указано в ст. 220 НК РФ.

1. При определении размера налоговой базы в соответствии с пунктом 3 статьи
210 настоящего Кодекса налогоплательщик имеет право на получение
следующих имущественных налоговых вычетов, предоставляемых с учетом
особенностей и в порядке, которые предусмотрены настоящей статьей:

1) имущественный налоговый вычет при
продаже имущества, а также доли (долей) в нем, доли (ее части) в уставном
капитале общества, при выходе из состава участников общества, при передаче
средств (имущества) участнику общества в случае ликвидации общества, при
уменьшении номинальной стоимости доли в уставном капитале общества, при уступке
прав требования по договору участия в долевом строительстве (по договору
инвестирования долевого строительства или по другому договору, связанному с
долевым строительством).

(пп.
1 в ред. Федерального закона от 08.06.2015 N 146-ФЗ)

2) имущественный налоговый вычет в размере выкупной
стоимости земельного участка и (или) расположенного на нем иного объекта
недвижимого имущества, полученной налогоплательщиком в денежной или натуральной
форме, в случае изъятия указанного имущества для государственных или
муниципальных нужд;

3) имущественный налоговый вычет в
размере фактически произведенных налогоплательщиком расходов на новое
строительство либо приобретение на территории Российской Федерации жилых домов,
квартир, комнат или доли (долей) в них, приобретение земельных участков или
доли (долей) в них, предоставленных для индивидуального жилищного
строительства, и земельных участков или доли (долей) в них, на которых
расположены приобретаемые жилые дома или доля (доли) в них;

4) имущественный налоговый вычет в
сумме фактически произведенных налогоплательщиком расходов на погашение
процентов по целевым займам (кредитам), фактически израсходованным на новое
строительство либо приобретение на территории Российской Федерации жилого дома,
квартиры, комнаты или доли (долей) в них, приобретение земельных участков или
доли (долей) в них, предоставленных для индивидуального жилищного
строительства, и земельных участков или доли (долей) в них, на которых
расположены приобретаемые жилые дома или доля (доли) в них, а также на
погашение процентов по кредитам, полученным от банков в целях рефинансирования
(перекредитования) кредитов на новое строительство либо приобретение на
территории Российской Федерации жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей)
в них, приобретение земельных участков или доли (долей) в них, предоставленных
для индивидуального жилищного строительства, и земельных участков или доли
(долей) в них, на которых расположены приобретаемые жилые дома или доля (доли)
в них.